Акционерное общество Eesti Loots было образовано распоряжением № 921-к Правительства Эстонской Республики от 20 ноября 2000 года. До образования фирмы Eesti Loots лоцманские услуги предоставлял Laevaliikluse Juhtumise Keskus, деятельность которого прекращена с 31 декабря 2000 года в соответствии с постановлением № 86 Министерства дорог и связи от 31 октября 2000 года.

Собственником акций акционерного общества Eesti Loots является государство, и управляющим акций назначено Министерство экономики и коммуникаций.